Биоинформатика ускорит поиск препаратов от агрессивной глиомы

Специалисты Института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (ИХБФМ) разработали и впервые применили инновационный биоинформатический подход для поиска уже существующих соединений, способных эффективно подавлять агрессивную глиобластому. Работа, поддержанная грантом РНФ и опубликованная в рецензируемом журнале, показала, что глубокий анализ транскриптомов пациентов позволяет реконструировать генную сеть, управляющую диффузным распространением опухолевых клеток, и выделить в ней ключевые «узловые» гены.

— Разделение клинических образцов пациентов на группы с высоким и низким уровнем маркеров инвазивности и построение сравнительного транскриптомного анализа.

— Реконструкция регуляторной сети, определение генов-хабов с наибольшим числом корреляций и ассоциаций с неблагоприятным прогнозом.

— In silico-скрининг библиотек одобренных препаратов с целью выявления тех, которые способны снижать активность «узловых» генов — то есть перепрофилирование лекарств.

Из нескольких отобранных соединений один кандидат был протестирован на культурах глиобластомы человека и образцах опухолей, извлеченных при операции. Экспериментально показано, что этот препарат:

— Подавляет экспрессию узловых генов, ответственных за инвазию и метастазирование.

— Снижает подвижность и инвазивность опухолевых клеток.

— Препятствует формированию капилляроподобных структур, необходимых для питания опухоли.